削除されたユーザーがオーナーのプロジェクトを削除したい

@NaotaSEKIGUCHI さん、ご投稿ありがとうございます。
@Ka_Nishiyama さんのおっしゃるとおり、サポートに依頼していただくことになります。

連絡方法については サポートチームにコンタクトする方法 のスレッドをご覧ください。

プロジェクトに新しいアクセスレベル「編集可能ユーザー」が登場 でお知らせされているとおり、プロジェクトの削除やアーカイブができない「編集可能ユーザー」アクセスが追加されたので、今後このようなケースは増えてしまいそうですね。