@anon37283907 さん、ご質問ありがとうございます！ 
プロジェクトのエクスポートはおっしゃる通り上限があり2000件までとなっています。もしそれ以上タスクがありエクスポートを行う場合は、プロジェクトを複製して2000件ずつのプロジェクトにしてエクスポートすることでデータをエクスポートいただけるかと思います。
一つのプロジェクトにあまりに多くのタスクがあると、データを読み込む時間もかかってしまうということもあり、個人的にはあまりお勧めしません。永続的なプロジェクトの場合でも、例えば2021年と22年でプロジェクトを分けるという風にするといいかもしれません。もちろん難しい場合もあると思いますが、少し分けてみるということもご検討いただければと思います。
またCSVのエクスポートですが、タスク内のコメントは落とせません。
確かにタスクのコメントも抽出できたらいいですよね。
英語版の提案カテゴリーでもそのような要望スレッドがありましたので、よろしければ Vote ボタンを押して投票お願いします！
よろしくお願いします 