Olá @Mauricio_Donati, desculpa que não respondi antes! 
Estarei feliz em te ajudar com essa pergunta!
Só para confirmar, a sua organização tem dois domínios associados, correto? Se é assim, ao remover um dos domínios, os usuários com um endereço de e-mail associado a tal domínio, serão convertidos em convidados dentro da sua organização. Eles poderão seguir acessando as suas informações sem problema nenhum, no entanto, lembre-se que convidados têm acesso limitado à organização e só podem ver o que for explicitamente compartilhado com eles:
- Se você compartilhar uma tarefa com um convidado, ele só poderá ver essa tarefa.
- Se você compartilhar um projeto com um convidado, ele poderá ver o projeto e todas as tarefas dentro dele.
- Se você adicionar um convidado a uma equipe, ele poderá ver todos os projetos públicos dessa equipe.
Saiba mais sobre os convidados neste artigo da nossa Central de Ajuda. Lembre-se também que é muito importante estar de acordo com os termos de uso aceitáveis para convidados.
Caso seja do seu interesse, por favor, contate nosso suporte para mais informações. Nossa equipe poderá verificar a sua organização e fornecer uma resposta mais detalhada 
→ Como contatar a nossa Equipe de Suporte ✉
Espero ter ajudado!