テンプレートプロジェクトでは、
現状、タスクやルールからは既存のプロジェクトにしかアクセスすることができず、
複数のテンプレートプロジェクトを組み合わせて使用している場合、
「他のテンプレートプロジェクトのタスクとの依存関係を事前にテンプレートとして追加しておく」などのことができません。
1つの案件に対して、複数のプロジェクトができる事自体はおかしい運用ではないと思いますので、
複数のテンプレートプロジェクトを包括するテンプレートがあり、それらのテンプレートプロジェクト内では相互に参照できる機能があれば、テンプレートの管理コストも減り、運用しやすくなると思います。