¡Hola @pau! 
Es una buena pregunta. Puedes seguir estos pasos para ocultar un equipo:
- Quita todos los miembros del equipo (menos tu)
- Cambiar los permisos del equipo a Equipo Oculto
De esta forma, los proyectos y tareas se mantendrán disponibles en caso de que necesites trabajar en ese equipo en el futuro pero los miembros de tu equipo no tendrán acceso y no verán este equipo.
Hace unos días discutimos un tema similar en este hilo, si quieres ver más información: Eliminar equipos (y conservar viejos proyectos) - #3 by Javi
Espero que este ayude. Avísame si tienes más preguntas.